Il viaggio della diciassettenne Suzume comincia in una tranquilla cittadina del Kyushu, lisola a sud-ovest del Giappone, dopo il misterioso incontro con un giovane che "cerca una porta".
La ragazza finisce per trovare una vecchia porta proprio al centro di un paesino abbandonato, protetta dalle rovine che la circondano. Spinta dal potere che la porta sembra emanare, Suzume decide di aprirla causando pericolosi disastri e la comparsa di numerose porte in tutto il paese.
La protagonista dovr chiuderle tutte per impedire che nuove catastrofi colpiscano il Giappone.
